Один из самых старейших отделов музейного объединения. Впервые как  музей местной природы им. А.И. Герцена он был открыт в 1920 году. За 90-летнюю историю музея неоднократно менялось его название и статус. Неизменным оставалась задача – собирать, изучать,  популяризировать природоведческие коллекции, природоведческие знания о истории развития нашего края.
Сегодня музей обладает замечательными энтомологической, палеонтологической, геологической коллекциями, коллекцией минералов, горных пород, гербариями, представляющими большую научную ценность. В настоящее время, благодаря палеонтологическим экспедициям, которые проводят научные сотрудники музея, его фонды пополняются ценнейшим научным материалом. Музей обладает большим собранием фотографий по природе России, в том числе фотоработы М.В.Березовского, В.Н.Михайлова, Н.Д.Шкуропадского.
Оставить отзыв